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市疾控中心专家讲述如何揭下奥密克戎变异株“面具” 最快4小时测出新冠病毒型别

编辑:黄春才2022-01-28 17:06内容来源:深圳特区报

新闻提要

读特客户端•深圳新闻网2022年1月27日讯(深圳特区报记者 罗莉琼)1月19日以来,深圳已连续8天无新增新冠肺炎本土确诊病例。今年以来,深圳报告3起独立疫情,同时迎战德尔塔变异株和奥密克戎变异株。如何快速识别奥密克戎变异株?昨日,深圳市疾控中心病原生物研究所副所长何雅青向记者讲述揭下奥密克戎变异株“面具”背后的故事。

1月15日凌晨时分,何雅青接到核酸检测初筛阳性的电话,她立即让24小时值守在核酸检测实验室的孙颖做好准备,在拿到疑似病例的样本时,要第一时间着手开展核酸检测以及全基因组测序工作。与此同时,何雅青打电话给新冠溯源团队成员朱灿,让她尽快赶到单位,进行后面的测序工作。

与以往战疫不同的是,在“0107”疫情和“0115”疫情应对过程中,深圳市科创委资助的抗疫专项“新冠病毒变异株快速检测试剂盒关键技术研发”发挥了重要作用。深圳市疾控中心与深圳联合医学科技有限公司在奥密克戎突变株出现后第一时间联合开发奥密克戎与德尔塔快速PCR检测及分型试剂,最快可以在4个小时内,快速鉴定新冠病毒的型别。

当晚,新冠核酸检测组成员孟君,采用奥密克戎快速PCR定型试剂盒进行检测,15日凌晨4时50分,试剂盒检测的结果出炉,高度怀疑为奥密克戎变异株。该变异株传播速度快,深圳更快落实防控策略,开展流调、对相应楼栋进行封控、开展终末消毒等,为与奥密克戎变异株赛跑赢得时间。

“由于样本病毒载量较低,获得全基因组序列的难度提升,第一次测序获得的序列,覆盖度为95.86%,并没有达到99.99%的理想结果。团队的卢清菊还对复采样进行第二次和第三次测序,第二次我们采用传统测序方式。”何雅青表示,第一次测序对新冠病毒进行定型,判定为奥密克戎变异株。

从去年“5·12”和“6·14”疫情起,深圳采用新冠病毒全基因组序列测定使用的是高通量测序技术,也称为二代测序技术。这种技术先将病毒基因组随机打断成很多小片段,大规模平行测序后,再将小片段序列拼接起来,最终获得完整的基因组序列信息。

从27小时到24小时,再到“0107”、“0115”疫情的16小时,深圳不断刷新新冠病毒全基因组测序的时间,为与新冠病毒赛跑赢得时间。

据介绍,基因测序是一种操作极为复杂的分子生物学实验技术,需要经过样本前处理、文库构建、测序反应、数据库比对等,操作起来有13个步骤,每个步骤环环相扣,检测人员的注意力需要高度集中,不能有丝毫的差错。“我们团队现在有9个人,基本上是90后、00后,不管白天黑夜,只要样本一送过来,大家都很拼,拼时间、拼精准度、高效运转,我们称这是‘深圳速度’。”何雅青说。


[编辑:黄春才]

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