莲花村站位于彩田路与红荔路交汇处，车站沿彩田路南北向布置。车站为地下三层侧式站台钢筋混凝土箱形框架结构，车站共设出入口4个：A2、B1、C2、E。

其中，B1口为既有3号线B1口；C2口接莲花二村小区及既有3号线C口（彩田路东侧）；E口莲花山脚（彩田路西侧）、A2口接中银大厦北侧及既有3号线A口（红荔路南侧）。